大学レベルの化学をわかりやすく解説するサイト。ネットで見れる化学の教科書 or 化学の参考書としてサイトを作っています。

How to make electrostatic potential map

2016年9月8日  2016年9月17日 
the protocol to make esp map is complicate.

Therefore, I ll show you the easy method " copy and paste "

①Change the name of file name created by gaussan 
**cubename**.cub → **cubename**.cube


②open "**cubename**.cube" by using textedit 
.///////////////////////////////////////////////
 Title Card Required potential=scf
 Electrostatic potential from Total SCF Density
   94  -18.366598  -13.153513  -13.708625    1  ←delete "1" and then save
  111    0.333333    0.000000    0.000000
   87    0.000000    0.333333    0.000000
   83    0.000000    0.000000    0.333333
    6    6.000000   -0.000028    3.242997   -0.000312
    1    1.000000    0.000027    5.286605   -0.000593
    6    6.000000   -2.305309    1.928239   -0.057792
    6    6.000000   -2.329696   -0.735406   -0.082642
    6    6.000000   -0.000123   -1.988648    0.000363
    1    1.000000   -0.000163   -4.041196    0.000610
    6    6.000000    2.329505   -0.735480    0.083050

    6    6.000000    2.305205    1.928152    0.057516
***************************************************************************



Put these two files, on desk top 
**cubename**.cube
●●●model name●●●.pdb

④copy the text below and paste on the command line of Pymol
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
cd ~/desktop
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
load **cubename**.cube
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
load ●●●model name●●●.pdb
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
isosurface A, **cubename**, 0.2

(you can change olenge number such as 0.3 )
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
ramp_new ESPM, **cubename**, [0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21], [red,orange, yellow,green, blue]
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
set surface_ramp_above_mode
set surface_color, ESPM

you have to change the numbers. acrually it is difficult to fix it.
[0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21],

ramp_new ESPM, **cubename**, [0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21], [red,orange, yellow,green, blue]

set surface_color, ESPM
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
this is magic word to change.
ー記事をシェアするー
B!
タグ

コメント

大学ランキング.com
Youtube

Translate

人気の投稿