静電ポテンシャルマップをpymol cubeファイルから表示する。

MacPymolって綺麗だけどESPマップ作るのが大変。
そのため「コピーアンドペースト」作れるようにしたかった。

①ガウシアンで作った.cubファイルのファイル名を変更
＊＊キューブファイル名＊＊.cub →　＊＊キューブファイル名＊＊.cube


②＊＊キューブファイル名＊＊.cubeをテキスト（メモ帳）で開く。
.///////////////////////////////////////////////
 Title Card Required potential=scf
 Electrostatic potential from Total SCF Density
   94  -18.366598  -13.153513  -13.708625    1 　←この"1"を消して保存
  111    0.333333    0.000000    0.000000
   87    0.000000    0.333333    0.000000
   83    0.000000    0.000000    0.333333
    6    6.000000   -0.000028    3.242997   -0.000312
    1    1.000000    0.000027    5.286605   -0.000593
    6    6.000000   -2.305309    1.928239   -0.057792
    6    6.000000   -2.329696   -0.735406   -0.082642
    6    6.000000   -0.000123   -1.988648    0.000363
    1    1.000000   -0.000163   -4.041196    0.000610
    6    6.000000    2.329505   -0.735480    0.083050

    6    6.000000    2.305205    1.928152    0.057516
***************************************************************************


③デスクトップに
＊＊キューブファイル名＊＊.cube
●●●モデルのファイル名●●●.pdb
を置く。

以下の文章のファイル名を入れて、順番に太字紫部分を一段づつコピーアンドペーストする。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
cd ~/desktop
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
load ＊＊キューブファイル名＊＊.cube
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
load ●●●●●●.pdb
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
isosurface EEEE, ＊＊キューブファイル名＊＊, 0.2

（オレンジ部分は変更可能0.3とか）
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
ramp_new ESPM, ＊＊キューブファイル名＊＊, [0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21], [red,orange, yellow,green, blue]
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
set surface_ramp_above_mode
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

set surface_color, ESPM
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
綺麗にでるまで数値変更
[0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21],ここの数値を変更するんだけど、かなり少ししか違わないので結構難しい
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
ramp_new ESPM, ＊＊キューブファイル名＊＊, [0.19,0.19999934595, 0.1999994595, 0.1999995, 0.21], [red,orange, yellow,green, blue]
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
set surface_color, ESPM
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

これで再び色が反映される。
以上です。

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