pymol コマンド
2016年10月28日
2016年12月5日
set sphere_scale, 0.1
set sphere_scale, 0.65, elem Pd ←原子も設定できる
set sphere_scale, 0.65, tab1 ←右タブも設定できる
有機化学：有名雑誌RSS（新着記事一覧）
2016年10月3日
2016年12月5日
毎回複数の雑誌の新着論文をチェックして回るのが面倒くさいと思ったので、一括でチェックできるようにしました。 google chorome を使ってる人は、タブの下に現れる”翻訳”ボタンを押せば一括で日本語っぽくなって簡単に読めるようになります。 Angew. Chem. Int. Ed Journal of the American Chemical Society Chemical Communications Chemical Science Chemistry - A European Journal
論文英語 メモ
2016年9月26日
2019年5月10日
our study indicate →by our studies, ~~~~ confirm 確認する the formation of 弱い →the generation of append 付け加える 他動詞 The residue was taken up in
ether and washed with sat. aq ****** (3 ᵡ 50 mL) and H2O (3 ᵡ 50 mL), dried with MgSO4 and purified by
column chromatography with *****/::::::: t…
Olex2の使い方 その３ 束縛：AFIX, SADI, DFIX
2016年9月24日
2019年8月30日
Olex2は、フリーで使えるX線結晶構造解析ソフトで とても使いやすいです。 ＋解析その２：AFIX, SADI, DFIX＋ これまで打ち込んでいたこれらのコマンド AFIX, SADI, DFIX は、 GUIに装備されています。 １. Toolsをクリック ２. Shelx Compatible ****をクリック ３. タブから束縛を選ぶ これだけ。 ＋ Toolsをクリック ＋ 以下の順番にタブをクリック Home → Start → Open Existing Structure or Data File とあとは原子を選んでgoをクリックすると束縛が完了する。 Olex2…
Olex2の使い方 その２ 解析
2016年9月23日
2019年10月30日
Olex2は、フリーで使えるX線結晶構造解析ソフトでとても使いやすいです。
前回は、Olex2の導入について書きました。
今回は、Olex2を使った解析について説明します。ざっくりだけど。
＋Olex2を使った解析＋
解析は、大まかに下の流れで行います。 １. データを開く ２. Solve ３. Refine
*他のソフトを使った解析と同様に、リファインはなんども実行します。
＋データを開く＋
以下の順番にタブをクリック Home → Start → Open Existing Structure or Data File
Homeボタンを押すと、Star…
Olex2の使い方 ダウンロード編
2016年9月23日
2021年3月15日
Olex2は、フリーで使えるX線結晶構造解析ソフトで、とても使いやすいです。
＋olex2特徴＋ 長所
原子が見易い。
コマンドを覚える必要が無い。
初心者でもとっかかり易い。
原子の選択がやりやすい。
（select ring でベンゼン環の構成原子を選択できる等）
最近では、リガクのX線の解析に使われていて、知名度が上がってきてます。 短所
原子数の数に限界がある。
すこし重い・・・・
リファインに時間がかかる。
＋Olex2のインストール＋
olex2をダウンロードする手順は サイトに登録→olex2ソフトウェアのダウンロード→インストール の順です。 …
NMRの測定時の便利ツール【重溶媒中の溶媒ピーク】【NMRデータベース】
2016年9月22日
2019年8月30日
NMRを測定する時に重溶媒中のピークを確認しなくては ならない時用に、重溶媒中の各種ピークを調べた論文を こちらに載せておく。 NMR Chemical Shifts of Common Laboratory Solvents as Trace Impurities H. E. Gottlieb, V. Kotlyar , A. Nudelman J. Org. Chem. 1997, 62, 7512-7515 加えて既存化合物のコンタミは産総研のデータベースを参考に帰属する。 有機化合物のスペクトルデータベース SDBS
単結晶X線解析用 X-ray コマンド一覧
2016年9月20日
2019年11月1日
よくSHELXのコマンドを忘れるのでメモしておく。
ぶっちゃけ細かいことは気にしない人用
X-ray コマンド一覧 sadi 0.02 C1A C2A 距離を決める rem *** 無視 simu 0.02 C1A C2A 温度因子の向きを揃える delu 0.02 C1A C2A 温度因子の大きさを揃える DFIX 1.328 C1 C2 距離を指定する isor 0.02 C1A 温度因子を丸くする AFIX 66 ベンゼン環 AFIX 56 五員環 acta 書くだけでCIFを生成 anis 書くだけで温度因子追加 HFIX 43 C…
How to make electrostatic potential map
2016年9月8日
2016年9月17日
the protocol to make esp map is complicate. Therefore, I ll show you the easy method " copy and paste " ①Change the name of file name created by gaussan ＊＊cubename＊＊ .cub → ＊＊cubename＊＊. cube ②open " ＊＊cubename＊＊.cube" by using textedit .//////////////////////////…
静電ポテンシャルマップをpymol cubeファイルから表示する。
2016年9月8日
2016年12月5日
MacPymolって綺麗だけどESPマップ作るのが大変。 そのため「コピーアンドペースト」作れるようにしたかった。 ① ガウシアンで作った.cubファイルのファイル名を変更 ＊＊キューブファイル名＊＊ .cub → ＊＊キューブファイル名＊＊. cube ② ＊＊キューブファイル名＊＊.cubeをテキスト（メモ帳）で開く。 .///////////////////////////////////////////////
Title Card Required potential=scf
Electrostatic potential from Total SCF D…
Platonをmacに導入
2016年8月28日
2016年12月5日
とりあえず、 X線結晶構造解析のためにPLATONをマックに入れたくなったので 入れます。 とりあえず「mac platon」でググると出てきたページを http://www.platonsoft.nl/xraysoft/Mac-OSX/platon/readme.html グーグルに翻訳していただく。 http://www.platonsoft.nl/xraysoft/Mac-OSX/platon/Platon_installation_on_a_Mac.pdf PLATONは、UNIXのソースコードからインテルのMac OSX /ヨセミテプラットフォーム上でコン…
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